Cho đến gần đây, người ta cho rằng con voi ma mút cuối cùng biến mất ở châu Âu và nam Xibia khoảng 12.000 năm trước đây, tuy nhiên có những khám phá dẫn đến kết luận là chúng còn sống ở đó khoảng 10.000 năm trước đây. Không lâu sau đó voi ma mút cũng biến mất khỏi Xibia.[7] Một nhóm nhỏ còn sống ở đảo St. Paul cho đến 3750 TCN,[8][9] và những con ma mút nhỏ [10] của vùng đảo Wrangel sống đến 1650 TCN.[11][12] Những nghiên cứu mới đây về trầm tích tại Alaska cho thấy voi ma mút còn sống ở lục địa châu Mỹ cho đến 10.000 năm trước đây.[13]

Cho tới nay người ta vẫn chưa thể giải thích dứt khoát tại sao voi ma mút bị tuyệt chủng như thế. Có thể do thời tiết nóng lên khoảng 12.000 năm trước đây, rồi sau đó các tảng băng tan ra và thụt ra biển khiến cho mặt biển dâng lên, có thể đây là một yếu tố. Rừng rú bị thay thế bởi đồng cỏ trong lục địa. Môi trường sinh sống của voi ma mút cũng do dó mà bị thu hẹp lại. Tuy nhiên những thay đổi về thời tiết như thế đã xảy ra trước đây. Nhiều giai đoạn ấm rất tương tự như thế đã xảy ra trong kỷ băng hà xảy ra trong nhiều triệu năm đã không gây ra tuyệt chủng cho loài sinh vật, do đó chỉ một mình khí hậu không đóng vai trò quyết định ở đây.[14][15] Sự xuất hiện của những thợ săn thiện nghệ ở lục địa Á-Âu và châu Mỹ vào khoảng thời gian sự tuyệt chủng xảy ra có thể đóng vai trò lớn lao khiến voi ma mút biến mất.[14][15]

Voi ma mút tuyệt chủng do khí hậu thay đổi hay bị con người săn bắt quá độ vẫn còn là một vấn đề tranh cãi.[16] Một giả thuyết khác cho rằng voi ma mút có thể bị mắc phải một chứng viêm vi trùng. Một giả thích họp lý cho sự tuyệt chủng của voi ma mút là do khí hậu kết hợp với bị con người săn bắt. Homo erectus đã bắt đầu tiêu thụ thịt voi ma mút khoảng 1,8 triệu năm trước đây.[17] Có dấu hiệu ở Ucraina cho thấy người người Neanderthal xây nhà dùng xương voi ma mút.[18]

Tuy nhiên Viện Khoa học Sinh học Mỹ khám phá ra rằng xương voi ma mút chết nằm lại trên mặt đất và sau đó bị các con voi ma mút khác giẫm lên cũng mang những dấu vết tương tự như là bị người ta làm thịt, do dó cũng có thể là loài người sát hại voi ma mút vì thịt cũng không hẳn đúng.